开始了解Docker是健明的一篇文章,那时正在研究虚拟机(Virtual Machine),发现Docker更适合现在的需求,就从基本概念和操作命令开始学习。前期顺风顺水直到看了胡博士的文章,对其Dockerfile的内容有很多不理解,后来明白Docker并不是单一独立的存在,你想要创建的镜像集成了所需的环境、软件、数据库以及脚本等,是生信处理能力的综合性体现。

显然我知识储备不够,只能默默地回去补习。

通俗的讲,它和虚拟机的作用类似,实现与宿主机资源和系统环境的隔离。但Docker容器技术相比虚拟机具有许多优点,比如:启动速度快、占用内核资源少、轻便以及可移植性等。

在新药研发中,CFDA规定十年后对相关实验数据进行溯源性分析,依然是准确和一致的。这就需要对当初所用的环境和操作进行“打包”处理,Docker为我们提供了Dockerfile来解决自动化创建images的问题,我们可以通过编辑Dockerfile来定制镜像。按照开发和运维(DevOps)人员说法,就是一次创建或配置可以永久在不同平台运行。

Docker命令大全

Dockerfile中的指令

B站全套生信视频课程

Dockerfile  是文件指令集,用来说明如何自动创建Docker镜像

Docker Images  是一个只读模板,用来运行Docker容器

Docker Containers 负责应用程序的运行,包括操作系统、用户添加的文件以及元数据

它们三者之间的关系是,通过定制化地编辑Dockerfile创建Images,Images可被下载到不同平台。

Containers是Images的一个运行实例,可以被开启和关闭。当然,还可使用docker commit命令反过来由Containers生成Images,但一般不建议这样做,主要是因为在运行中的容器中进行操作(如:安装软件或添加无关内容)会导致镜像极其臃肿。

1. FROM centos:centos7  2. MAINTAINER ZhiHaoPlus,3. RUN yum update  -y && yum upgrade -y &&  \yum install -y wget git curl curl-devel gcc python python-devel zsh tar bzip2gcc-c++ readline-devel gmp-devel \gcc-gfortran cmake zlib zlib-devel mysql mysql-devel libpng libpng12 libpng-devel libtiff libtiff-devel libjpeg \libjpeg-devel openssh-clients  boost boost-devel && \yum clean all && rm -rf /tmp/* /var/tmp/*4. RUN curl "-pip.py" -o "get-pip.py" && python get-pip.py && pip install s3cmd

5. WORKDIR /tmp6. RUN yum install -y java7. RUN wget -4.5.4-Linux-x86_64.sh 8. RUN bash ./Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda39. ENV PATH=/opt/miniconda3/bin:$PATH10. RUN conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ && \conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/ && \conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mro/ && \conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ && \conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ && \conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ && \conda config --set show_channel_urls yes11. RUN conda install R -y  RUN conda install bwa -y   RUN conda install samtools -y  RUN conda install tabix -y  RUN conda install bedtools -y  RUN conda install MACS2 -y  RUN pip install pysam==0.8.3 pybedtools==0.6.9  RUN pip install -d . ngslib  RUN pip install HTSeq==0.6.0 brewer2mpl svgwrite seaborn  sklearn  RUN conda install mysql-python

12. RUN mkdir -p /data/fastq /data/fasta /data/script  /source13. WORKDIR /data/source14. RUN git clone 

若考虑数据的储存和保密性,可使用挂载指令(VOLUME),不过需要注意的是此指令无法指定宿主机上对应的目录,而是自动生成的,因此在启动容器时选择了另一种挂载方式。

docker build .

因为在Dockerfile在当前工作目录下,所以用“ . ”代替了绝对路径。

镜像创建成功并生成了一个最终ID

docker images docker tag aca8551e61bb zhihaoplus/test:testdcoker images

查看并修改镜像名称

docker run -it -v ~/data/fastq:/data/fastq -v ~/data/script:/data/script aca8551e61bbnohup bash /data/script/pipeline.sh &ps -ef

-v 参数指定挂载点

脚本成功运行起来了

之前为了测试Dockerfile编辑是否成功,加了指令 CMD echo "Hello,World!",其在启动容器时执行echo命令,然而奇怪的事情发生了,启动容器后确实输出了"Hello,World!"却没进入容器中,就好像没被开启。如下图:

实际上它只是开启后又立即关闭了(Created到Exited只有2秒)。这跟Docker自身机制有关,当容器内的进程全部退出时,容器也会停止运行,也就是说你得让它一直有事干,没有,就会退出。

最直接保险的方法是,Dockerfile不加入启动指令(CMD和ENTRYPOINT),这样容器启动后会有一个/bin/bash的进程在运行。有需要让脚本在容器启动时运行,则可以加-d参数让容器在后台以守护状态运行docker run -it -d IMAGES_ID /bin/bash。

■   ■   ■

生信基础知识大全系列:

7次改版,11节课程,14K的讲稿,30个夜晚打磨,100页PPT的课程。

如果需要组装自己的服务器;

如果需要帮忙下载海外数据(GEO/TCGA/GTEx等等),

如果需要线下辅导及培训,看

如果需要个人电脑:

如果需要置办生物信息学书籍,看:

如果需要实习岗位:

如果需要售后:

如果需要入门资料大全: